100 năm trước, sức mạnh của Pokémon Hoopa đã bị giam cầm trong Jar of Binding (là một cái chai) sau khi nó bị phá hủy và mất kiểm soát. Hiện tại, Satoshi và bạn bè của mình, Pikachu, Serena, Citron và Yurika được kéo qua một cái cổng được tạo ra bởi các vòng giao thoa của Hoopa đến Thành phố Désert. Hoopa cố gắng sử dụng những chiếc vòng của mình để vận chuyển mọi người đến Tháp Désert gần đó nhưng được tiết lộ rằng, ở trạng thái bị thay đổi, Hoopa không thể đi qua những chiếc vòng mà nó tạo ra. Barza, một trong những người chăm sóc của Hoopa và là hậu duệ của người đàn ông đã phong ấn sức mạnh của Hoopa, lấy cái chai Jar of Binding. Cái chai chiếm lấy Barza và khiến anh ta giải phóng cái bóng của Hoopa được tạo ra từ sự tức giận bị giam cầm trong 100 năm. Sức mạnh của Hoopa sau đó được đưa trở lại vào chai.

Băng Hỏa Tiễn cố gắng ăn cắp cái chai. Khi Nyasu giữ nó, ngay lập tức nó bị chiếm hữu và mở cái chai để giải phóng sức mạnh của Hoopa. Hoopa chiến đấu với sức mạnh và có giữ nó ở lại chai, nhưng cái bóng của Hoopa sau đó phát triển thành một Pokémon riêng biệt, cố gắng chiếm lấy Hoopa thật. Trong cuộc vật lộn, cái chai phát nổ. Hoopa triệu tập Pokémon huyền thoại Lugia. Lugia đánh lạc hướng cái bóng của Hoopa khi Hoopa trốn thoát. Barza và chị gái Mary biết họ có thể tạo ra một chai mới tại Tháp Dahara với sức mạnh của đất, lửa và nước. Họ quyết định sử dụng Tairenar của Serena, Gekogashira của Satoshi và một Hippopotas hoang dã trong sa mạc để làm điều này.

Cái bóng của Hoopa lừa Lugia bay vào một chiếc vòng và đưa nó trở về đại dương của nó. Hoopa sau đó triệu tập các Pokémon huyền thoại Latias, Latios và Rayquaza. Satoshi, Hoopa và Pikachu cưỡi trên Latias và Latios, trong khi Rayquaza giúp chống lại cái bóng của Hoopa. Satoshi ra lệnh cho Pokémon tấn công, nhưng cái bóng của Hoopa lại triệu tập sáu Pokémon huyền thoại khác. Trong khi đó, tại tòa tháp, những người khác đang làm việc để tạo ra một cái chai mới, sử dụng sức mạnh của lửa, đất và nước.

Rayquaza tạo ra một lớp bảo vệ xung quanh Tháp Désert để bảo vệ nó khỏi cuộc tấn công, trong khi những người khác bên trong cố nhốt nó vào Jar of Binding. Tuy nhiên, cái bóng của Hoopa và Pokémon huyền thoại đã phá vỡ nó. Cái Chai sau đó được làm lại, nhưng Barza làm rơi nó. Satoshi bắt được nó nhưng bị chiếm hữu. Hoopa làm sạch cái bóng của chính nó bằng những ký ức hạnh phúc, khiến cái ác biến mất. Tuy nhiên, do có quá nhiều Pokémon huyền thoại được triệu tập, một sợi dọc thời gian hình thành xung quanh tòa tháp. Hoopa, sau đó đã được phục hồi hoàn toàn sức mạnh do không còn bị ảnh hưởng bởi sự tức giận, giúp mọi người trong tòa tháp thoát khỏi vòng vây của nó. Nhớ đến những lời của ông cố củ ban đầu giam hãm quyền lực của Hoopa, Hoopa đã quan tâm đến gia đình Barza và Mary. Và Hoopa quyết định ở lại với họ, cuối cùng có thể đi qua cái vòng. Hoopa sau cùng quyết định xây dựng lại thành phố trước khi trở về nhà ở Thung lũng Arche.